Trong 80% các trường hợp, bệnh không có triệu chứng, nhưng trong 20% còn lại, nó gây ra nhiều triệu chứng phức tạp. Virus này được ước tính là gây ra khoảng 5.000 ca tử vong mỗi năm. Các ca sốt cho đến một phần ba các trường hợp tử vong tại các bệnh viện trong khu vực bị ảnh hưởng và từ 10 đến 16% tổng số ca. [7]

Sau một thời gian ủ bệnh từ 6 đến 21 ngày, bệnh phát triển cấp tính với sự suy đa tạng. Triệu chứng không đặc hiệu bao gồm sốt, sưng mặt, và mệt mỏi cơ bắp, cũng như viêm kết mạc và niêm mạc chảy máu. Các triệu chứng khác phát sinh từ các cơ quan bị ảnh hưởng là:

• Đường tiêu hóa
  • Buồn nôn
  • Nôn (máu)
  • Tiêu chảy (máu)
  • Đau bụng
  • Táo bón
  • Nuốt khó (khó nuốt)
  • Viêm gan siêu vi
• Hệ tim mạch
  • Viêm màng ngoài tim
  • Tăng huyết áp
  • Hạ huyết áp
  • Nhịp tim nhanh (tăng cao 1 cách bất thường)
• Đường hô hấp
  • Ho
  • Tức ngực
  • Chứng khó thở
  • Xung huyết vùng họng hầu
  • Viêm màng phổi
• Hệ thần kinh
  • Viêm não
  • Viêm màng não
  • Thiếu hụt thính lực đơn phương hay song phương
  • Động kinh

Trên lâm sàng, sốt nhiễm trùng Lassa rất khó để phân biệt với bệnh sốt xuất huyết do virus khác như Ebola và Marburg, và bệnh sốt phổ biến hơn như sốt rét.

Virus này được bài tiết trong nước tiểu sau 3-9 tuần và trong tinh dịch trong ba tháng.